JR各社は次のように、JR北海道・JR九州の運賃改定、JR西日本の運賃体系変更等に伴う4月1日の旅規改定公告を掲載した。
| 会社 | 公告 | 備考 |
|---|---|---|
| JR東日本 | 2月17日 | |
| 2月20日 | 307条、312条 | |
| JR東海 | 2月20日 | |
| JR北海道 | 2月20日 | 2月25日 訂正による改訂版 |
| JR九州 | 2月21日 | |
| JR西日本 | 2月25日 |
第78条（電車特定区間内等の大人片道普通旅客運賃）第2号ロの大阪附近における電車特定区間内相互発着の運賃の消費税の計算方法について、先行したJR東日本（2月17日）・JR東海（2月20日）の公告は、同号イの東京附近と同様「100分の10を乗じ10円未満のは数を円位において切り上げた額」としていた。3月15日のJR旅規改定の記事にコメントがあったように、切上げ方式では鉄道駅バリアフリー料金の加算によって、従来の幹線運賃よりも高額になる事例が発生していた。JR西日本の電車特定区間の賃率がJR東日本よりも高くなったためである。
これに対し、JR九州（2月21日）、JR西日本（2月25日）は「第77条の規定を適用して計算した額（四捨五入）」とした。JR北海道が2月25日付で2月20日の公告を訂正し、JR九州・西日本方式に転じたので、四捨五入方式が正しいと思われる。しかしJR東日本とJR東海は、本日現在訂正されていない。
運賃改定以外の条項では、第57条2項の「1個の急行列車とみなして1枚の急行券を発売」から、第8号の博多・宮崎空港間（別府・大分乗継）が削除された。別府・大分乗継不要の直通特急は改正前と同じ2本だけなのに、この2本以外は特急料金が通算されなくなる。
入場料金はJR北海道210円、JR九州200円と初乗り運賃に合わせ値上げされたが、定期入場料金が北海道6,220円、九州6,640円と逆転している。1日1回利用として、北海道が29.6日分、九州が33.2日分。本州幹線30.8日、東京電車特定区間28.5日、大阪電車特定区間28.7日、JR東海バリアフリー料金区間30.8日、JR四国31.1日と各社間でかなりの差がある。
