3月12日施行の旅規改定のポイントの一つは、新在別線がらみの選択乗車区間である。在来線と離れた場所に中間駅が設置される博多・久留米間と筑後船小屋・熊本間が第16条の2第2項の「線路が異なるものとして旅客の取扱いをする」区間に追加され、これに関連して第157条に第50号から第58号までの9号の選択乗車区間が挿入された。
(50)博多南又は博多以遠（吉塚又は小倉方面）の各駅と、新鳥栖又は鳥栖以遠（肥前旭方面）の各駅との相互間（博多・鳥栖間、博多・新鳥栖間）
(51)久留米以遠（荒木又は久留米高校前方面）の各駅と、新鳥栖又は鳥栖以遠（田代方面）の各駅との相互間（久留米・鳥栖間、久留米・新鳥栖間）
(52)博多南又は博多以遠（吉塚又は小倉方面）の各駅と、久留米以遠（荒木又は久留米高校前方面）の各駅との相互間（博多・鳥栖間、博多・新鳥栖間）（久留米・鳥栖間、久留米・新鳥栖間）
(53)筑後船小屋以遠（羽犬塚方面）の各駅と、熊本以遠（川尻又は平成方面）の各駅との相互間（筑後船小屋・大牟田間、筑後船小屋・新大牟田間）（大牟田・玉名間、新大牟田・新玉名間）（熊本・玉名間、熊本・新玉名間）
(54)筑後船小屋以遠（羽犬塚方面）の各駅と、新大牟田又は大牟田以遠（荒尾方面）の各駅との相互間（筑後船小屋・大牟田間、筑後船小屋・新大牟田間）
(55)筑後船小屋以遠（羽犬塚方面）の各駅と、新玉名又は玉名以遠（肥後伊倉方面）の各駅との相互間（筑後船小屋・大牟田間、筑後船小屋・新大牟田間）（大牟田・玉名間、新大牟田・新玉名間）
(56)大牟田以遠（銀水方面）の各駅と、玉名以遠（肥後伊倉方面）の各駅との相互間又は新大牟田・新玉名間（大牟田・玉名間、新大牟田・新玉名間）
(57)熊本以遠（川尻又は平成方面）の各駅と、新大牟田又は大牟田以遠（銀水方面）の各駅との相互間（熊本・玉名間、熊本・新玉名間）（玉名・大牟田間、新玉名・新大牟田間）
(58)熊本以遠（川尻又は平成方面）の各駅と、新玉名又は玉名以遠（大野下方面）の各駅との相互間（熊本・玉名間、熊本・新玉名間）
このうち通過型選択乗車の第52号と第53号とは、新幹線と在来線−同一路線扱いの虚構と矛盾で指摘しているように、選択乗車区間とする意味がない。第52号の博多・久留米間を新幹線または在来線のいずれかで通過するときは、同一の線路として取り扱うから、選択乗車区間に指定する必要があるのは新鳥栖と鳥栖で乗り継ぐ場合だけである。しかし、これらは第51号と第52号の新幹線駅独立駅型の選択乗車区間に規定されている。第53号についても同様で、新大牟田・大牟田と新玉名・玉名における乗継の６通りの組み合わせは、すべて第54号から第58号でカバーされている。
| 筑後船小屋−新大牟田／大牟田−熊本 | 54, 57 |
| 筑後船小屋−大牟田／新大牟田−熊本 | " |
| 筑後船小屋−新玉名／玉名−熊本 | 55, 58 |
| 筑後船小屋−玉名／新玉名−熊本 | " |
| 筑後船小屋−新大牟田／大牟田−玉名／新玉名−熊本 | 54, 56, 58 |
| 後船小屋−大牟田／新大牟田−玉名／新玉名−熊本 | " |
筑後船小屋・熊本間のように中間に新幹線独立駅が複数ある選択乗車区間は、ほかに仙台・一ノ関間があり、この区間には、
(3) あおば通又は仙台以遠（東照宮、長町又は榴ケ岡方面）の各駅と一ノ関以遠（山ノ目又は真滝方面）の各駅との相互間（仙台・小牛田間、仙台・古川間）（一ノ関・小牛田間、一ノ関・古川間）
(9) あおば通又は仙台以遠（東照宮、長町又は榴ケ岡方面）の各駅と一ノ関以遠（山ノ目又は真滝方面）の各駅との相互間（仙台・新田間、仙台・くりこま高原間）（一ノ関・新田間、一ノ関・くりこま高原間）
の二つの通過型選択乗車が設定されている。第3号は仙台・小牛田／古川と一ノ関・小牛田／古川の２区間、第9号は仙台・新田／くりこま高原と一ノ関・くりこま高原／新田の２区間の選択である（古川／小牛田・くりこま高原／新田の選択乗車はできない）。これらは第4号、第8号、第10号、第11号にそれぞれ、仙台−古川・小牛田間、一ノ関−古川・小牛田間、仙台−くりこま高原／新田、一ノ関−くりこま高原／新田の新幹線駅独立型選択乗車が設定されているから、やはり通過型選択乗車を設定する意味がない。一方、古川・くりこま高原間と小牛田・新田間の選択乗車区間がないから、仙台−小牛田／古川−くりこま高原／新田−一ノ関のジグザグ型の選択乗車はできない*1。
新たな選択乗車区間にも、「新幹線と在来線」で紹介している新在別線の選択乗車規定により復乗となるケースが発生する。新鳥栖発熊本行き（新幹線・博多・桂川・原田・鹿児島本線経由）の乗車券で、新幹線に代えて鳥栖・博多間の在来線に乗車できるから、原田・鳥栖間が復乗となる。選択乗車の規定には、「復乗となる場合を除く」と明記すべきだろう。
